มุลเลอร์ อยู่กับ ‘ทัพเสือใต้’ มาตั้งแต่ปี 2000 โดยเข้าร่วมศูนย์ฝึกเยาวชนตั้งแต่อายุ 10 ขวบ ก่อนที่จะได้รับโอกาสประเดิมสนามให้ทีมชุดใหญ่เมื่อเดือนสิงหาคม ปี 2008

นับตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา ‘แนวรุกเมืองเบียร์’ ก็สามารถยึดตำแหน่งตัวหลัก และพาทีมคว้าแชมป์ลีกได้ถึง 12 สมัย, เดเอฟเบ โพคาล 6 สมัย แลพ ยูฟ่า แชมเปี้ยนส์ลีก 2 สมัย ทำให้เขากลายเป็นหนึ่งในนักเตะที่ประสบความสำเร็จมากที่สุดของสโมสร

แต่ด้วยอายุที่มากขึ้น (35 ปี) และค่าเหนื่อยที่สูงจนไม่สอดคล้องกับความคุ้มค่าในการใช้งาน เขาจึงไม่ได้รับการต่อสัญญาใหม่ ซึ่งเรื่องแบบนี้เป็นปกติของวงการฟุตบอล

โธมัส มุลเลอร์ แถลงการณ์ผ่านเวปไซต์ของสโมสร “สำหรับผมแล้วมันชัดเจนว่าวันนี้ต่างจากวันที่ผ่าน ๆ มามากกว่า 25 ปีของตัวเองในฐานะผู้เล่น บาเยิร์น มิวนิค และมันกำลังมาถึงตอนจบในซัมเมอร์นี้”

“นี่คือการผจญภัยอันน่าทึ่ง และเป็นความสำเร็จอันยากลืมเลือน ผมรู้สึกซาบซึ้งใจที่ได้เล่นฟุตบอลระดับอาชีพในนามสโมสรอันเป็นที่รัก”

“ความเชื่อมโยงอันแสนพิเศษกับสโมสร และแฟนบอลของที่นี่จะคงอยู่กับผมตลอดไป”